Обязательно проводится биопсия опухоли с гистологическим подтверждением диагноза. В большинстве случаев речь идет о плоскоклеточном раке, однако достаточно часто возникают другие опухоли, особенно это характерно для опухолей небных миндалин. Другими вариантами являются: лимфоэпителиома (опухоль Шминке или недифференцированный рак носоглоточного типа), лимфома (заболевание кроветворной системы), опухоли малых слюнных желез. Точный гистологический диагноз кардинально влияет на тактику лечения. Например, лимфоэпителиомы крайне чувствительны к лучевому лечению, соответственно первичное лечение этих опухолей, как правило, лучевое. Кроме общеклинического исследования (анализ крови и т.д.) обязательно проводятся компьютерная томография, магниторезонансная томография, УЗИ шеи с тонкоигольной аспирационной биопсией шейных лимфоузлов (по показаниям). Данные методы исследования позволяют определить распространение (величину) опухоли и наметить план лечения.  Обязательно исследование состояния зубов с санацией последних.